本院的使命、願景及核心價值，係透過治理團隊與經營團隊溝通討論形成共識而成，透過滿意度、需求調查及疾病分析，瞭解病人、社區及員工的需要，並藉由「平衡計分卡」、「品質指標系統」、「雲端決策系統」等經營及策略管理等工具，將民眾的需求透過「提升醫療服務的質量及多元化」、「重塑人力價值，提升組織效能」、「強化急重症診治及照護品質」、「穩定財務，提升收益」、「創新研究，提升生醫能量」、「總分院互相支援，資源效益極大化」及「提升教學品質，培育優質人才」七大經營策略的設定，規劃並落實短中長期計畫之執行，將醫療資源進行有效分配，達成精進醫療服務、提升醫療品質、確保病人安全、實踐照護弱勢、維持經營成效的目標。藉由功能式委員會及管理小組的設立，建置完備的經營管理機制，進行有效運作，落實監督執行、資源有效分配及提供病人真正需求的服務品質。經營團隊堅持以「感恩」、「專注」、「熱誠」、「謙卑」、「信心」、「真愛」、「喜樂」、「真誠」、「創新」、「堅毅」、「寬容」及「分享」等十二項馬偕美德勇於面對環境挑戰，以創新的思維，持續開創符合病人需要的服務。

經營管理相關之規劃與改善方案執行成效卓著，獲得衛生福利部國民健康署等政府及民間單位的肯定。2014年榮獲國健署「健康促進醫院優良獎/組織再造獎」、「健康促進雲端加值應用評選表揚-傑出獎」、2014年台灣永續能源研究基金會「台灣Top 50企業永續報告獎」金獎及2015年國健署「高齡友善健康照護機構典範選拔優良與組織再造獎」。

員工為本院最寶貴的資產。透過建置完整的人事管理制度、教育訓練計畫及健康支持系統，使員工的權益、繼續教育及心聲得以受到應有的重視及合理的保障。此外，亦鼓勵員工參與院外各職系學會、繼續教育及研討會等課程，以強化員工於執行醫療專業服務之需求。近來更加強TRM團隊訓練，也加強各級主管的領導培訓。

本院深刻體認「高品質服務源自於健康、滿意的員工」。為員工提供多元化的意見表達管道及心理支持系統。每年進行員工滿意度調查、並於醫院網頁提供院長信箱，協助處理員工對醫院及工作上的意見及建議。透過院牧部主持的「協談中心」及舉辦年度靈修活動，協助員工調適壓力，使其獲得心理支持及輔導。除此之外，員工福利促進會受理員工之申訴案件，協助員工排解並爭取應有之權益。

本院擁有縝密的資訊管理機制，透過系統規劃及系統維護兩大作業範疇，訂有各項資訊安全及緊急應變規範並於演習及常規中落實執行，並致力於資訊安全及病人就醫隱私的確保。藉由完整的資訊介面串聯臨床及行政部門，建立完整防毒、防入侵機制，將外部攻擊及非法資訊存取情事降至最低。2010年8月台北、淡水、新竹及台東四個院區進行IS27001資訊安全管理認證，期許病人就醫隱私及醫療資訊安全更嚴謹，透過建立資訊安全政策、實務規範、程序、組織架構及軟體功能，達成「機密性」、「完整性」、「可用性」之營運安全目標。配合政府政策積極推動電子病歷，廣泛運用iPad等平板電腦，提升醫護同仁便捷之醫療資訊服務。參與衛生福利部「緊急醫療EEC電子病歷優化調閱創新服務應用」計畫，簡化跨院調院病歷調閱之流程，確保連續性照護，獲得民眾的肯定。

本院除注重一線醫護及行政人員之服務態度及應對外，尊重病人權利、提供病人適切的醫療服務，亦是本院最為關注的議題。本院建置醫療指標監測、醫令用藥警示、線上藥物查詢、臨床警示通報、手術部位辨識及異常事件通報作業等系統，藉此落實醫療品質與病人安全文化的提升。並定期進行區域內醫療資源分配之分析，掌握民眾之醫療服務需求，做為本院規劃新服務的重要參考依據。對於院內既有的服務，定期執行民眾醫療需求評估及病人滿意度調查，透過病人對問卷的回饋意見與建議，檢視並校正院內各項服務的作法。近年來，持續改善就醫環境，擴大抽血櫃檯，縮短就醫等候。設置乳房醫學中心，提供婦女整合式的服務。考量癌症病人的需求，設置癌症整合照護中心。經由以病人為中心的服務理念，本院先後獲得多項國家級品質標章認證、行政院衛生福利部核定醫學中心特優、並獲民間如遠見雜誌醫學中心服務品質第一等多項肯定。

本院醫療品質作業以持續性之品質改進CQI及全面性品質管理TQM為工作理念，自1992年7月設有「醫療品質管理委員會」負責全院醫品業務的研擬與推展，並在企劃管理室設立品管課以進行相關業務的推展，使本院「醫療品質管理委員會」與「病人安全委員會」之運作互相連結。品質活動均以病人為中心進行改善，分為「臨床醫療品質管理作業」、「非臨床科之品質作業」、「藥事作業品質」、「護理服務品質」、「行政作業品質」。「醫療品質提升競賽活動」則依護理組、醫事組、行政組分組競賽，過去十幾年來參加醫策會HQIC品質競賽成績斐然，於2009年獲頒「醫品標竿」。2012~2015年參加醫策會醫療品質獎(HQIC)競賽，榮獲2項金獎、1項銀獎、2項佳作、6項潛力獎、1項創意獎及1項人因特別獎。且於【智慧醫療組競賽】中獲得1座「醫療照護獎」、1座「品質指標標章」、2座「醫療照護標章」及1座「成本效益標章」等殊榮。

本院將醫品/病安活動轉化成指標做有效管理，為落實於臨床例行作業，制訂「全院品質管理計畫」，使用「品質指標資訊系統」平台，大幅提升資料可近性及管理性；持續積極參予各項院際間醫品病安活動如醫策會、生策會SNQ國家品質標章，學習同儕寶貴經驗進而分享本院經驗。2012年獲頒醫策會「持續品質改善獎」。2014年於醫策會BTS博覽會中獲頒「品質突破先鋒獎」、「品質突破菁英獎」、「品質突破最佳戰友獎」及「最具推廣及學習價值海報」等八個獎項。並於2012至2015年ISQua 年會海報及口頭發表共 8 篇；並獲得生策會SNQ 認證 1項 銅獎及16 項標章。